ماده 2 ـ مؤدیان مشمول این آیین‌نامه مکلفند از ابتدای دوره مالیاتی بعد از اعلام سازمان، مالیات و عوارض متعلقه را، هم‌زمان با صدور صورتحساب به حساب سازمان واریز نمایند. چنانچه بازه زمانی از تاریخ اعلام تا تاریخ مشمولیت به شرح فوق، کمتر از یک ماه باشد، تکلیف مذکور به ابتدای دوره‌ی دوم بعد از اعلام سازمان موکول می‌شود. مؤدیان موضوع این آیین‌نامه کماکان مکلف به رعایت سایر مقررات و تکالیف از جمله ارائه اظهارنامه (تا قبل از اجرای کامل قانون پایانه‌های فروشگاهی و سامانه مؤدیان برای کلیه مؤدیان موضوع این ماده و پس از راه اندازی سامانه مزبور، برای مؤدیان غیر عضو) و ارائه اسناد و مدارک خواهند بود.

ماده 3 ـ سازمان باید مشتریان مشمول این آیین نامه را مکلف نماید نسبت به واریز مالیات و عوارض ارزش افزوده به حساب تعیین شده اقدام نمایند. در این صورت سازمان مکلف است فهرست مؤدیان مشمول این آیین نامه را همزمان با اعلام عمومی به نحو مقتضی به اطلاع مشتریان آن ها برساند. توضیح آن که تحویل گیرندگان نهایی کالای پشتوانه گواهی سپرده، مکلفند در صورتی که کالای موصوف ماهیتاً مشمول مالیات بر ارزش افزوده باشد، مالیات و عوارض مربوطه را قبل از تحویل فیزیکی کالا، پس از کسر اعتبار مالیاتی به حساب سازمان واریز نمایند. بورس‌های کالایی موظف به نظارت بر انجام این فرآیند توسط تحویل گیرنده نهایی کالا و بررسی صحت اجرای آن می‌باشند. تبصره: در مواردی که برای هر یک از مشتریان تکلیف پرداخت مالیات و عوارض متعلقه در نظر گرفته شده باشد، تکلیف پرداخت برای طرف مقابل (مؤدیان مشمول این آیین نامه) ساقط می‌شود. بدین معنا که سازمان صرفاً مؤدیان یا مشتریان آن‌ها را مکلف به واریز مالیات و عوارض می نماید.

ماده 4 ـ در صورتی که بهای صورتحساب (کالا و خدمات) از طریق دستگاه کارتخوان بانکی (pos) یا درگاه‌های پرداخت الکترونیکی پرداخت شود مؤدیان مشمول این آیین‌نامه می‌بایست مالیات و عوارض فروش را بر اساس ترتیبات تعیین شده از سوی سازمان به صورت برخط و از طریق ایجاد زیر ساخت‌های لازم توسط بانک مرکزی جمهوری اسلامی ایران به حساب‌های مربوطه واریز نمایند. تبصره ـ چنانچه پرداخت مبلغ صورتحساب از سوی مشتریان مؤدیان مشمول این آیین‌نامه به سایر روش‌ها به جز دستگاه کارتخوان از قبیل چک (به تاریخ روز) یا به صورت وجه نقد باشد، مؤدیان مشمول این آیین‌نامه مکلفند مالیات و عوارض مربوط به این معاملات را از طریق سامانه برخط در پایان روز بعد به حساب‌های سازمان واریز نمایند.

ماده 5 ـ مالیات و عوارض واریزی به حساب سازمان در اجرای این آیین‌نامه با رعایت سایر شرایط این آیین‌نامه به حساب بستانکاری فروشنده منظور می‌شود و برای خریدار در صورتی که مصرف کننده نهایی یا عرضه کننده کالاها و خدمات صرفاً معاف نباشد، اعتبار مالیاتی به حساب می‌آید.

ماده 6 ـ در صورتی که تمام یا قسمتی از کالای فروش رفته و خدمات ارائه شده به خریداران، به استناد صورتحساب صادره در سامانه مؤدیان، برگشت شده باشد، فروشنده مکلف است مبلغ صورتحساب با احتساب مالیات و عوارض ارزش افزوده «به تناسب پرداخت صورت گرفته» را به خریدار مسترد نماید و مالیات و عوارض استردادی به عنوان بستانکاری فروشنده در دوره برگشت / اصلاح صورتحساب منظور می‌گردد.

ماده 7 ـ در خصوص صادرات کالاها و خدمات به خارج از کشور، مؤدیان مشمول این آیین نامه تکلیفی به واریز برخط مالیات و عوارض فروش به حساب اعلامی از سوی سازمان ندارند.

ماده 8 ـ مالیات و عوارض صورتحساب صادره برای معاملات حق‌العملکاری مؤدیان مشمول که همزمان با صدور صورتحساب به حساب سازمان واریز می‌شود، با رعایت کلیه قوانین و مقررات موضوعه، به حساب بستانکاری آمر (اعتبار مالیاتی) لحاظ می‌گردد.

ماده 9 ـ پس از رسیدگی ادارات امور مالیاتی ذیربط و یا پس از اجرای کامل قانون پایانه‌های فروشگاهی و سامانه مؤدیان برابر مقررات مربوط، چنانچه اضافه پرداختی مؤدیان مشمول این آیین‌نامه جهت مالیات و عوارض متعلقه احراز گردد، برابر احکام مقرر در ماده 8 قانون، اضافه پرداختی یاد شده قابل تهاتر یا استرداد خواهد بود.

ماده 10 ـ تأخیر در پرداخت مالیات و عوارض در مواعد مقرر موضوع این آیین نامه بر اساس ماده 37 قانون، موجب تعلق جریمه‌ای به میزان دو درصد (2%) در ماه، نسبت به مالیات و عوارض پرداخت نشده و مدت تأخیر از موعد پرداخت مقرر در این آیین نامه، خواهد بود.