با عنایت به سئوالات و ابهامات مطرح شده در خصوص نحوه ثبت اقدامات مربوط به رسیدگی مجدد و رفع اختلاف موضوع ماده 238 قانون مالیات های مستقیم و ماده 29 قانون مالیات بر ارزش افزوده، مقرر می دارد:
نظر به اینکه به موجب قسمت اخیر ماده 238 قانون مالیات های مستقیم مسئول مربوط موظف است پس از ثبت درخواست مودی در دفتر مربوط و ظرف مهلتی که بیش از سی روز از تاریخ مراجعه نباشد به موضوع رسیدگی و در صورتی که دلایل و اسناد و مدارک ابراز شده را برای رد مندرجات برگ تشخیص کافی دانست، آن را رد و مراتب را ظهر برگ تشخیص درج و امضا نماید و در صورتی که دلایل و اسناد و مدارک ابرازی را موثر در تعدیل درآمد تشخیص دهد و نظر او مورد قبول مودی قرار گیرد، مراتب ظهر برگ تشخیص منعکس و به امضای مسئول مربوط و مودی خواهد رسید همچنین با اتخاذ ملاک از ماده 29 قانون مالیات بر ارزش افزوده چنانچه مودی معترض به اوراق مطالبه مالیات یا برگه استرداد مالیات اضافه پرداختی اعتراض کتبی خود را ظرف بیست روز پس از ابلاغ اوراق یاد شده به اداره امور مالیاتی مربوط برای رفع اختلاف تسلیم نماید و رفع اختلاف ظرف بیست روز از تاریخ دریافت اعتراض با مسئولان ذی ربط انجام شده باشد، پرونده از لحاظ مالیاتی مختومه می گردد، بنابراین چنانچه رسیدگی مجدد و رفع اختلاف به شرح فوق در مواعید مقرر سی یا بیست روز مذکور انجام شده باشد، صرف عدم ثبت رفع اختلاف انجام شده در موعد مقرر در سامانه های سازمان امور مالیاتی کشور مانع از مختومه شدن پرونده مالیاتی نبوده و در این گونه موارد (انجام رفع اختلاف در موعد مقرر و عدم ثبت آن در همین زمان در سامانه ها) مقرر می شود سرپرست حوزه کاری اعتراضات نسبت به تهیه گزارش سیستمی عنوان معاون مدیر کل مربوطه اقدام و پس از تایید مراتب از طرف معاون مدیر کل مربوط، مراتب جهت اقدامات بعدی وفق مقررات قانونی به عنوان رفع اختلاف در موعد مقرر در سامانه ها منعکس شود.
با ابلاغ این دستورالعمل عبارت«مسئول مربوط و مودی با رعایت مقررات» جایگزین عبارت«رییس اداره امور مالیاتی مربوط و مودی و ثبت آن» ردیف های الف و ب بند 3 فصل یکم دستورالعمل دادرسی مالیاتی ابلاغی طی بخشنامه شماره 117300 مورخ 1387/11/13 می شود.