با توجه به سوالات و ابهامات مطروحه از سوی ادارات کل امور مالیاتی در خصوص چگونگی رسیدگی به عملکرد مالیات بر درآمد بیمارستان ها و سایر مراکز تشخیصی و درمانی و تعیین ماخذ درآمد مشمول مالیات آنان ، موارد ذیل را مقرر می دارد :

الف : جایگاه حقوقی بیمارستان ها و مراکز تشخیصی و درمانی در قانون مالیات های مستقیم

-1 بیمارستان ها و مراکز درمانی درقالب دو شخصیت حقوقی و حقیقی اقدام به فعالیت می نمایند.

-2 صاحبان بیمارستان هایی که در قالب اشخاص حقیقی اقدام به فعالیت می نمایند طبق جزء ردیف 4 بند ب ماده 2 آئین نامه اجرایی مربوط به دفاتر ، اسناد و مدارک و روش های نگهداری آنها اعم از ماشینی ( مکانیزه ) و دستی ونمونه اظهارنامه مالیاتی و نیز نحوه ارائه آنها برای رسیدگی وتشخیص درآمد مشمول مالیات موضوعماده 95 قانون مالیات های مستقیماصلاحی مصوب 1394/04/31 برای عملکرد سال 1395 و به بعد و همچنین طبق ردیف 6 بند الف ماده 96 قانون مالیات های مستقیممصوب 1380/11/27 مکلف به نگهداری دفتر روزنامه و کل موضوع قانون تجارت بوده و به موجب ماده 100 قانون مالیات های مستقیممکلفند نسبت به تسلیم اظهارنامه مالیاتی شامل ترازنامه و حساب سود و زیان مطابق نمونه هایی که توسط سازمان امور مالیاتی کشور تعیین می شود در موعد مقرر اقدام نمایند.

-3 بیمارستانهایی که در قالب اشخاص حقوقی اقدام به فعالیت می نمایند طبق ماده 110 قانون مالیاتهای مستقیم مکلف به تسلیم اظهارنامه و ترازنامه و حساب سود زیان در موعد مقرر می باشند.

-1 درآمد حاصل از سرویسهای تشخیصی و درمانی در صورتی که بین بیمارستان و پزشک قرار داد مشارکت تنظیم گردیده باشد در موارد ارائه سرویسهای تشخیصی و درمانی که بین بیمارستان و پزشک قرارداد مشارکت منعقد و بیمارستان با توجه به قرارداد منعقده نسبت به شناسایی درآمد خود به نسبت تعیین شده در قرار داد اقدام و سهم پزشک را به حساب پزشک منظور یا پرداخت می کند، در این صورت به نسبت سهم درآمد خود بشرح قرارداد مشمول مالیات خواهد بود.

-2 درآمد حاصل از سرویسهای تشخیصی و درمانی بیمارستان با کمک سایر پزشکان در قالب قرار داد خدمات پزشکی در مورد ارائه سرویسهای تشخیصی و درمانی توسط بیمارستان با استفاده از خدمات سایر پزشکان در قالب قرارداد حق الزحمه ای، کل درآمد ارائه خدمات تشخیصی و درمانی بعنوان درآمد بیمارستان با رعایت مقررات مشمول مالیات خواهد بود. در این صورت در موارد رسیدگی به دفاتر و اسناد و مدارک ، هزینه خدمات ارائه شده توسط پزشکان مذکور با رعایت مقررات بعنوان هزینه قابل قبول مالیاتی می باشد.

-3 درآمد حاصل از سرویسهای تشخیصی و درمانی بیمارستانها با کمک پزشکان مستخدم (حقوق بگیران) در موارد ارائه سرویسهای تشخیصی و درمانی توسط بیمارستان با استفاده از خدمات پزشکان مستخدم ( حقوق بگیر) ، کل درآمد ارائه خدمات تشخیصی و درمانی بعنوان درآمد بیمارستان با رعایت مقررات مشمول مالیات خواهد بود و هزینه حقوق نیز بعنوان هزینه قابل قبول مالیاتی بیمارستان خواهد بود.

-1 هر دو گروه از اشخاص بیمارستانی (حقیقی و حقوقی ) مکلف به تسلیم فهرست مالیات حقوق پرداختی می باشند.

-2 کلیه پرداختهای صورت گرفته به هر نحو به پزشکان معالج مستخدم بیمارستان مشمول مالیات حقوق می باشد.

ج : نکات قابل توجه در رسیدگی :

رسیدگی عملکرد:

-1 در زمان رسیدگی به حساب درآمدهایی که بطریق مشارکت در دفاتر بیمارستان شناسایی شده است گروههای رسیدگی ضمن اخذ قرارداد مشارکت ونحوه تفکیک درآمد بیمارستان و پزشک ، طبق قراردادهای فی ما بین اقدام لازم بعمل آورند و درصورت عدم ارائه قرارداد مشارکت ، کل درآمد حاصله بعنوان درآمد بیمارستان تلقی خواهد شد.

-2گروههای رسیدگی کننده مالیاتی ضمن بررسی قراردادهای مذکور و انطباق آن با مبالغ ثبتی ، از رعایت مفاد قرارداد در ثبت و شناسایی درآمد و مبالغ منظور شده به حساب پزشکان اطمینان حاصل نمایند.

در صورتی که بخشی از مستندات ارسالی برای شرکتهای بیمه ای به هر دلیل مورد پذیرش واقع نشده باشد،درصورت شناسایی درآمد ،برگشت آن از نظر مالیاتی با ارائه مستندات مربوط قابل پذیرش خواهد بود.

-4 گروههای رسیدگی کننده می بایست علاوه بر استخراج اطلاعات بیمارستان ها از سامانه های اطلاعاتی موضوعماده 169 قانون مالیاتهای مستقیمنسبت به استعلام از مراکز بیمه ای اقدام نموده و ضمن تطبیق اطلاعیه های بدست آمده با درآمدهای حاصله، نسبت به بررسی میزان سهم شرکت بیمه گذار و مبالغ ناخالص پرداختی و نحوه ثبت درآمدهای شناسایی شده آن در دفاترکه قبلا ذکر گردیده است اطمینان حاصل نمایند.

د: رسیدگی به درآمد پزشکان معالج دارای مطب یا قرارداد با بیمارستانها و سایر مراکز درمانی

در اجرای ماده 3 آیین نامه موضوعتبصره 3 ماده 169 قانون مالیاتهای مستقیماصلاحی مصوب 1394/04/31 صاحبان مشاغل مکلف به ثبت نام، می بایست برای هر واحد شغلی یا برای هر محل، جداگانه در نظام مالیاتی ثبت نام نمایند و همچنین در اجرایتبصره یک ماده 3 مذکورچنانچه صاحبان مشاغل موضوع این آیین نامه بر اساس مجوز صادره از طرف مراجع ذی صلاح، بیش از یک محل فعالیت برای همان مجوز داشته باشند، برای تمامی این محل ها فقط یک ثبت نام صورت خواهد گرفت و بنا بر اعلام مؤدی یکی از این محل ها، بعنوان محل اصلی فعالیت مشخص و سایر محل ها به عنوان شعبه منظور خواهد شد. در صورت عدم انتخاب مؤدی، تعیین محل اصلی فعالیت به تشخیص سازمان خواهد بود. پزشکان معالج ضمن رعایت آیین نامه مربوط می بایست درآمد مطب های خصوصی شان در داخل و خارج از بیمارستانها وکلیه درآمد های حاصل از قراردادها را در اظهارنامه مالیاتی خود ابراز نموده و ماموران مالیاتی می بایست درآمد مشمول مالیات آنها را محاسبه و به آدرس قانونی پزشک معالج و یا آدرس بیمارستان طرف قرار داد ابلاغ و مالیات مربوطه را مطالبه نمایند.