با توجه به سوالات و ابهامات مطرح شده راجع به مبدأ شروع معافیت مالیاتی موضوع ماده 13 قانون چگونگی اداره مناطق آزاد تجاری-صنعتی جمهوری اسلامی ایران مصوب 1372/06/07 و اصلاحیه مصوب 1388/03/06 آن در مناطق آزاد جدید ایجاد شده یا محدوده های جدید الحاق شده به محدوده های تعیین شده قبلی در خصوص اشخاصی که قبل از ایجاد یا توسعه مناطق آزاد در مناطق مذکور فعالیت داشته و مجوز خود را از مرجع ذیربط اخذ نموده اند، به پیوست نظریه شماره 27672/98250 مورخ 1394/08/30 معاونت حقوقی ریاست جمهوری و نیز اصلاحیه شماره 27672/134941 مورخ 1394/10/21 آن که در این خصوص به شرح ذیل صادر گردیده است، جهت اطلاع و بهره برداری لازم ارسال می گردد.
«با توجه به اینکه در تفسیر راجع به ماده 13 قانون چگونگی اداره مناطق آزاد تجاری-صنعتی، مجلس شورای اسلامی تصریح نموده است:
«معافیت مالیاتی موضوع ماده 13 قانون فوق الذکر در فاصله زمانی میان ایجاد مناطق آزاد و شروع فعالیت تا زمان تصویب قانون مواد یاد شده نیز قابل اعمال می باشد.»
و با توجه به اینکه سازمان مناطق آزاد بعد از قانون یاد شده ایجاد و طبق ماده (11) قانون مزبور مسئولیت صدور مجوز برای انجام فعالیت اقتصادی را عهده دار شده است و قبل از آن مراجع ذیربط مسئولیت صدور مجوز داشته اند از طرفی ملاک اصلی برقراری معافیت «فعالیت در منطقه» می باشد و فعالیت هایی که قبل از ایجاد منطقه صورت می گرفته ملاک نبوده است، کما اینکه تفسیر قانونی یاد شده موید همین امر است به خصوص که در تفسیر نیز مرجع صدور مجوز و تاریخ آن مورد حکم قرار نگرفته است.
بنابراین در مواردی که مجوز قبل از تصویب قانون یاد شده توسط مراجع ذیصلاح صادر شده، هم چنین در زمانی که تاریخ بهره برداری قبل از ایجاد منطقه بوده است چون ملاک اصلی «فعالیت در منطقه» می باشد لذا دوره بیست ساله معافیت از زمان تشکیل منطقه ملاک عمل خواهد بود ولو آنکه مجوز را مراجع ذیصلاح قبل از تشکیل منطقه صادر نموده باشند. بدیهی است ممکن است طبق ماده (11) قانون چگونگی اداره مناطق آزاد تجاری-صنعتی مجوزهای جدید توسط سازمان منطقه نیز صادر شود، معهذا شروع معافیت 20 ساله چنان که ذکر شد از تاریخ تشکیل منطقه قابل اعمال است.»