نظر به اینکه در مواردی ادارات امور مالیاتی در رسیدگی به پرونده های مالیاتی مودیان، بدون اعمال معافیت مالیاتی از جمله ماده 132، ماده 132،(ماده 133) ماده 141 و ماده 142 و غیره مقرر در قانون مالیات های مستقیم مصوب اسفند ماه 1366 و اصلاحیه بعدی آن اقدام به صدور و ابلاغ برگ تشخیص مالیات نموده و مودیان مالیاتی به لحاظ عدم اطلاع از قانون و مقررات مالیاتی حسب مورد با قبول برگ تشخیص یا توافق با ممیز کل مالیاتی در مورد میزان درآمد مشمول مالیات، مالیات متعلقه را پرداخت نموده و همچنین مواردی که مودی استحقاق قانونی برخورداری از معافیت مالیاتی را داشته اما پرداخت کننده وجه به موجب قانون، مالیات های تکلیفی مقرر در ماده 104 را از وجوه پرداختی به وی کسر و به حساب های مالیاتی واریز نموده است ابهاماتی برای ماموران مالیاتی در خصوص اصلاح برگ مالیاتی قطعی و استرداد وجوه پرداختی حسب مورد وجود دارد و لذا از آن جایی که مفاد ماده 242 قانون مزبور فقط ناظر به استرداد مالیات هایی که به علت اشتباه محاسبه اضافه دریافت شده است نبوده بلکه شامل مالیات هایی که طبق مقررات قانونی قابل استرداد هستند نیز خواهد بود، چنانچه مودی پس از قطعیت مالیات و آگاهی از عدم برخورداری معافیت های مالیاتی که توسط حوزه مالیاتی اعمال نگردیده درخواست استرداد و یا اصلاح برگ قطعی را با توجه به داشتن استحقاق معافیت بنماید. به منظور اجرای مقررات و پرهیز از اتخاذ رویه های متفاوت مقرر می دارد:
چنانچه مودی مالیاتی با توجه به مراتب فوق (قبول برگ تشخیص و یا توافق با ممیزکل مالیاتی) و در صورت دارا بودن سایر شرایط، استحاق (استحقاق) معافیت مالیاتی را داشته و مالیات دوره عملکرد مورد نظر قطعیت یافته اما برگ قطعی آن صادر و یا ابلاغ نشده و هم چنین در صورتی که برگ مالیات قطعی نیز صادر و ابلاغ گردیده باشد ممیزین مالیاتی مکلفند طی گزارش عنوان سرممیزی مربوطه و پس از ملاحظه و تایید ممیز کل مالیاتی ذیربط درآمدهای معاف از پرداخت مالیات را از درآمدهای قطعی شده سابق کسر و برگ مالیات قطعی یا برگ قطعی اصلاحی با لحاظ نمودن معافیت های یاد شده صادر و ابلاغ نمایند و اگر به جهت برخورداری از معافیت به طور کلی مالیاتی تعلق نگیرد موضوع را طی نامه ای به اطلاع مودی برسانند، ضمناً در صورتی که مالیاتی مازاد بر حد مقرر پرداخت شده باشد پس از بررسی و انجام اصلاحات لازم اضافه پرداختی حسب مقررات ماده 242 قانون مذکور مسترد گردد.