به منظور اجرای صحیح مقررات قانون مالیات بر ارزش افزوده و وحدت رویه در رسیدگی به پرونده مالیات بر ارزش افزوده شرکت ملی پالایش و پخش فرآورده های نفتی ایران و شرکت های پالایش نفت، با اتخاذ ملاک از نامه شماره 57/98567 مورخ 1394/06/01 معاون محترم نظارت مالی و خزانه دار کل کشور و نظریه های شماره 722/228655 مورخ 1389/10/12 و شماره 722/33418 مورخ 1390/05/10 معاون محترم حقوقی رئیس جمهور وقت و سرپرست محترم امور هماهنگی و رفع اختلاف حقوقی دستگاه های اجرایی معاون حقوقی رییس جمهور وقت و همچنین رای هیات تخصصی اقتصادی، مالی و اصناف دیوان عدالت اداری موضوع دادنامه شماره 129-9709970906010128 مورخ 1397/06/26 که طی
بخشنامه شماره 200/97/123 مورخ 1397/09/03 ابلاغ گردیده مبنی بر رد شکایت ابطال
بند 2 بخشنامه شماره 200/16767 مورخ 1390/07/13 و
بخشنامه های شماره 200/94/77 مورخ 1394/08/05 و
شماره 200/95/62 مورخ 1395/09/28 سازمان امور مالیاتی کشور، چنانچه حسب بررسی اسناد و مدارک مثبته احراز گردد مودی در دوره های مالیاتی سال مورد رسیدگی مابه التفاوت قیمت (یارانه) را در دفاتر لحاظ نموده، بنابر این یارانه پرداختی دولت بابت مابه التفاوت فروش فرآورده های نفتی (اصلی) شامل بنزین، نفت سفید، نفت کوره، نفت گاز و گاز مایع از شمول مالیات بر ارزش افزوده خارج بوده و ماخذ محاسبه مالیات و عوارض موضوع
ماده (14) قانون مالیات بر ارزش افزوده نمی باشد و با توجه به مقررات موضوع
تبصره های (2) و (3) ماده (17) قانون یاد شده، مالیات و عوارض ارزش افزوده مربوط به یارانه پرداختی دولت قابل تهاتر و کسر از مالیات و عوارض ارزش افزوده فروش نخواهد
بود.