در اجرای قسمت اخیر ماده 26 قانون مالیات بر ارزش افزوده، به منظور رسیدگی به اظهارنامه یا بررسی میزان معاملات برای تعیین مأخذ مشمول مالیات و عوارض ارزش افزوده (مبلغ فروش یا درآمد) و تشخیص مالیات و عوارض متعلق دوره یا دوره‌های مالیاتی مودیان مالیات بر ارزش افزوده به صورت علی الرأس، بر اساس این دستورالعمل می‌بایست اقدام لازم به عمل آید.

ب- مواردی که به موجب تشحیص مالیات و عوارض ارزش افزوده از طریق علی الرأس نمی شود:

ج- مأخذ و قرائن مالیاتی به شرح زیر می باشد:

د- نحوه رسیدگی و تعیین مأخذ مالیات و عوارض ارزش افزوده از طریق علی الرأس:

2_ در مواردی که احراز گردد مالیات و عوارض متعلق به اسناد و مدارک خرید و فروش واصله در هر دوره قبلا از طریق رسیدگی به دفاتر و اسناد و مدارک یا علی الرأس مطالبه نگردیده، درخصوص اسناد و مدارک خرید می بایست طبق بند (1) قسمت (د) این دستورالعمل و در خصوص اسناد و مدارک و فروش براساس مبلغ فروش نسبت به تعیین و مطالبه مالیات و عوارض و جرائم متعلق به دوره مربوط اقدام شود.

3_ در مواردی که اسناد و مدارک فروش واصله در هر دوره، از لحاظ نوع و میزان کالا، قابل کنترل با اسناد و مدارک خرید دوره یا دوره های قبل بوده و مالیات و عوارض مربوط به خریدهای مزبور، قبلا‌به صورت علی الرأس یا رسیدگی به دفاتر و اسناد و مدارک نیز تعیین و مطالبه شده باشد، در صورت احراز، مطالبه مجدد مالیات و عوارض برای فروش مذکور موضوعیت نخواهد داشت.

4_ درخصوص اسناد و مدارک واصله مربوط به خرید و فروش یک دوره، چنانچه احراز شود بخشی از مدارک فروش یا تمام آن مربوط به کل خریدهای بدست آمده در همان دوره است، مالیات و عوارض صرفا براساس مبلغ فروش مذکور قابل مطالبه خواهد بود و تعیین مبلغ فروش طبق بند (1) قسمت (د) این دستورالعمل موضوعیت نخواهد داشت.

5_در مواردی که همزمان دوره های مالیاتی مختلف در دست رسیدگی می باشد و طبق اسناد و مدارک واصله مربوط به خرید و فروش، احراز شود که کل خرید مربوط به یک دوره، در همان دوره یا دوره های بعد به فروش رسیده، براساس اسناد و مدارک فروش مذکور می بایست وفق مقررات نسبت به تعیین و مطالبه مالیات و عـوارض متـعلق فروش دوره یا دوره های مربوط اقدام لازم به عمل آید.

6_درخصوص اسناد و مدارک واصله مربوط به خرید و فروش یک دوره، چنانچه احراز شود بخشی از مدارک فروش یا تمام آن مربوط به بخشی از خریدهای واصله در همان دوره است، می بایست علاوه بر مطالبه مالیات و عوارض براساس مبلغ فروش مذکور، نسبت به آن بخش از خرید که مدارک فروش آن واصل نشده است و یا نوع کالا متفاوت می باشد، طبق بند (1) قسمت (د) این دستورالعمل اقدام شود.

7_ در مواردی که همزمان دوره های مالیاتی مختلف در دست رسیدگی می باشد و طبق اسناد و مدارک واصله مربوط به خرید و فروش، احراز شود که بخشی از خریدهای موصوف مربوط به یک دوره، در همان دوره یا دوره های بعد طبق اسناد و مدارک فروش واصله به فروش رسیده است، می بایست علاوه بر مطالبه مالیات و عوارض براساس مبلغ فروش مذکور در دوره مربوط، نسبت به آن بخش از خرید که مدارک فروش آن واصل نگردیده است، در دوره مربوط به خرید طبق بند (1) قسمت (د) این دستورالعمل اقدام شود.

-8 چنانچه اطلاعات واصله اعم از خرید و فروش کالا و خدمات به شکل سالانه و قابل تفکیک به دوره های مالیاتی موضوع ماده (10) قانون مالیات بر ارزش افزوده باشد، تعیین مأخذ مشمول مالیات و عوارض ارزش افزوده و تشخیص مالیات و عوارض متعلق با توجه به اطلاعات مکتسبه، براساس مفاد این دستورالعمل برای هر دوره صورت خواهد پذیرفت. در صورتی که اطلاعات مذکور قابل تفکیک به دوره های مالیاتی نباشد، می بایست اطلاعات یاد شده به نسبت دوره های فعال سالانه تقسیم و متناسب با دوره هایی که مودی مشمول نظام مالیات بر ارزش افزوده بوده مالیات و عوارض ارزش افزوده تشخیص و مطالبه شود.

9_ در خصوص کالای وارداتی، قیمت تمام شده واردات عبارت از ارزش گمرکی کالا (قیمت خرید، هزینه حمل و نقل و حق بیمه) به علاوه حقوق ورودی می باشد، بدیهی است در مواردی که طبق اسناد و مدارک مثبته احراز گردد هزینه های دیگری از جمله هزینه حمل و نقل از گمرک به مقصد صاحب کالا و یا شخص دیگری به حساب صاحب کالا صورت پذیرفته باشد، هزینه های مزبور می بایست در قیمت تمام شده کالای وارداتی منظور و براساس مفاد این دستورالعمل حسب مورد اقدام لازم به عمل آورده شود.

10_ در مواردی که مودی علی رغم ارائه دفاتر و اسناد و مدارک، از ارائه قسمتی از اسناد و مدارک یا حساب یا به هر دلیلی از ثبت بخشی از درآمد، فروش یا خرید کالا و خدمات در دفاتر خودداری نموده باشد، مأخذ مشمول مالیات و عوارض ارزش افزوده و مالیات و عوارض متعلق نسبت به موارد موصوف از طریق علی الرأس به شرح زیر تعیین می گردد:

-11 برای تعیین مأخذ مشمول مالیات و عوارض ارزش افزوده آن دسته از واحدهای تولیدی که از ارائه دفاتر و اسناد و مدارک در موعد مقرر در دستورالعمل رسیدگی به عملکرد مودیان مالیات بر ارزش افزوده خودداری نموده اند ابتدا می بایست مقدار تولید هر محصول به شرح ذیل برآورد شود: برآورد مقدار تولید: بررسی مصرف واقعی مواد اولیه; استعلام از واحد رسیدگی به پرونده عملکرد مالیاتهای مستقیم مودی; بررسی انبار مواد اولیه و انبار کالای تولیدی از حیث میزان موجودی و نوع مواد اولیه و کالای ساخته شده در تاریخ تهیه گزارش;  بررسی فرایند تولید هر محصول;  بررسی فرمول ساخت هر محصول;  کنترل عوامل تولید از جمله تعداد کارکنان، تعداد شیفت کاری،‌تعداد دستگاه ها و ماشین آلات فعال،‌ قبوض آب و برق و گاز، تعداد کارگاهها و سایر عوامل موثر بر تولید;  ظرفیت اسمی مندرج در مجوزهای صادره از طرف مراجع ذیربط از جمله پروانه بهره برداری، گواهی فعالیت و غیره.  بهای فروش هر واحد کالای تولیدی برآوردی می بایست براساس بهای روز آن تعیین شود که از نتیجه حاصلضرب مقدار تولید برآوردی در بهای فروش به دست آمده مأخذ مشمول مالیات و عوارض ارزش افزوده مشخص می گردد.

12) چنانچه طبق اسناد و مدارک ارائه شده توسط مودی یا واصله احراز گردد مودی قسمتی از خرید کالا و خدمات و تولیدات خود را به خارج از کشور از طریق مبادی خروجی رسمی صارد نموده است، صادرات مذکور مشمول مالیات و عوارض موضوع قانون مالیات و عوارض ارزش افزوده نخواهد بود.

13) در مواردی که هیچگونه دفاتر و اسناد و مدارکی جهت رسیدگی به پرونده مالیات بر ارزش افزوده پیمانکاران و سایر فعالان بخش خدماتی واصل نشده باشد و همچنین در مواردی که اطلاعات واصله صرفا محدود به قبوض واریزی مالیاتهای تکلیفی توسط کارفرمایان باشد،‌مأموران مالیاتی مکلفند با استعلام از اداره امور مالیاتی عملکرد مالیاتهای مستقیم یا کارفرمایان، براساس کل دریافتی یا درآمد ابرازی در اظهارنامه تسلیمی یا درآمد قطعی شده مودی (قبل از هرگونه اعمال ضریب یا معافیت مالیاتی موضوع قانون مالیاتهای مستقیم مصوب 1366 و اصلاحیه های بعدی آن و در صورت امکان به تفکیک درآمد ناشی از صادرات خدمات به خارج از کشور، خدمات معاف موضوع بندهای 9، 11، 12 و 14 ماده 12 قانون مالیات بر ارزش افزوده و خدمات مشمول مالیات)، مأخذ مشمول مالیات و عوارض ارزش افزوده (میزان کل دریافتی پیمانکار) را تعیین و با مستند قرار دادن اطلاعات فوق الذکر و براساس این دستورالعمل، نسبت به مطالبه مالیات و عوارض و جرائم متعلق اقدام نمایند.

14_ در مواردی که دفاتر و هیچگونه اسناد و مدارکی جهت رسیدگی به پرونده مالیات بر ارزش افزوده مودیان به دست نیامده باشد، مأموران مالیاتی مکلفند به شرح زیر اقدام نمایند:

15_ در مورد آن بخش از مستندات فروش یا خرید کالا و خدمات که مالیات و عوارض ارزش افزوده آن مورد مطالبه قرار گرفته، چنانچه احراز شود مودی در موقع خرید کالا و خدمات مشمول و به استناد صورتحسابهای صادره توسط مودیان مشمول نظام مالیات بر ارزش افزوده و همچنین اطلاعات واصله از سایر مراجع از جمله گمرک و غیره، مالیات و عوارض ارزش افزوده پرداخت نموده، مالیات و عوارض مذکور با رعایت سایر شرایط به عنوان اعتبار مالیاتی مودی موصوف قابل پذیرش خواهد بود.

16_ ادارات امور مالیاتی مکلفند در تنظیم گزارش رسیدگی موضوع این دستورالعمل از فرم "گزارش رسیدگی به عملکرد مودیان مالیات بر ارزش افزوده" استفاده نمایند.