به منظور اجرای صحیح حکم تبصره 2 ماده 2 اصلاحی قانون مالیات‌های مستقیم و اتخاذ رویه واحد در این خصوص نکات زیر را متذکر می‌گردد:

-1 منظور از موسسات دولتی، موسسات دولتی موضوع ماده 3 قانون محاسبات عمومی است.

-2 تمامی دستگاه‌هایی که بودجه آنها وفق قوانین بودجه کل کشور سالانه کلاً وسیله دولت تامین می‌شود (مهم‌ترین آن‌ها مجلس شورای اسلامی و دستگاه‌های وابسته به آن مانند دیوان محاسبات عمومی کشور)، جزء دستگاه های بند 2 ماده 2 قانون مالیات‌های مستقیم می‌باشند، با این توضیح که صرف کمک‌های بودجه‌ای دولت به برخی نهادها سبب شمول این بند نسبت به آن ها نخواهد بود.

-3 مسئولان اداره امور هریک از فعالیت‌های اقتصادی اشخاص حقوقی مذکور در ماده 2 قانون مزبور، در صورت تحصیل درآمد ناشی از فعالیت‌های اقتصادی ملزم به رعایت تکالیف قانونی مربوط به اشخاص حقوقی می‌باشد.

-5 نقل و انتقال قطعی املاک و حق واگذاری محل موضوع ماده 59 قانون مالیات‌های مستقیم توسط نهادهای موضوع ماده 2 و مال‌الاجاره دریافتی آن‌ها از این بابت به منزله فعالیت اقتصادی موضوع این تبصره مشمول مالیات نمی‌باشد. لکن آن قسمت از درآمد ناشی از فروش ساختمان‌های نوساز از این قاعده مستثنی بوده و طبق مقررات ماده 77 قانون مزبور مشمول پرداخت مالیات خواهد بود.

-7 سایر درآمدهای حاصله خارج از حدود مذکور برابر مقررات قانون مالیات‌های مستقیم مشمول مالیات خواهد بود که در این موارد نیز بایستی با امعان نظر به کلیه جوانب امر درآمد مشمول مالیات را حسب مورد طبق ماده 106 و یا احکام قانون مالیات‌های مستقیم و عندالاقتضاء اعمال معافیت‌های مقرر (در صورت شمول) تعیین و مالیات را به نرخ 25% موضوع ماده 105 محاسبه و وصول نمایند، توضیح آن که، گر چه در تبصره 2 ماده 2 قانون مالیات‌های مستقیم، درآمد در هر مورد به طور جداگانه مشمول نرخ ماده 105 شناخته شده، لیکن به لحاظ واحد بودن نرخ مالیاتی (به میزان 25%)، در صورت انعکاس تمامی رویدادهای مالی در دفاتر و اظهارنامه و صورت‌های مالی، پرداخت مالیات موضوعه برای یک سال مالیاتی به طور یک جا و هم چنین مطالبه مالیات در موارد تشخیص علی الراس بدین ترتیب فاقد اشکال قانونی خواهد بود.

تأکید می‌نماید که اهمیت رسیدگی به پرونده‌های مالیاتی نهادهای مورد بحث نهایت دقت و ممارست را طلب می‌نماید، لذا مسئولین ذیربط بایستی با آگاهی و احاطه کامل نسبت به طرز کار و مقررات حاکم بر فعالیت آن‌ها اقدام و در جهت نیل به واقعیت و تعیین درآمد مشمول مالیات واقعی، هر یک از راهکارها و ابزارهای قانونی لازم از جمله مفاد تبصره 2 ماده 97 قانون مالیات‌های مستقیم را در رسیدگی‌های خود حسب متقاضیات پرونده به کار بندند.